Главный метод изучения тканей — микроскопия (световая, люминесцентная, фазово-контрастная, электронная и др.). Гистологические препараты готовят из живых или мёртвых (фиксированных) структур. Они могут представлять собой взвесь клеток, мазок, отпечаток, общий препарат органа, тонкий срез ткани или органа.
При необходимости более углублённого исследования применяются дополнительные методики: гистохимические (определение химических веществ в ткани), иммуногистохимические (выявление с помощью специальных антител возбудителей инфекции или собственных белковых соединений).
